Победители
Публикация итогов Хакатона осуществляется путём размещения информации о Победителях на сайте.
по биоинформатике и клинической онкологии
4-5 Ноября 2024 года
регистрация до 27 октября 23:59 МСК.
от hacker «хакер» + marathon «марафон» форум для разработчиков, во время которого специалисты из разных областей разработки программного обеспечения сообща решают какую-либо проблему на время.
Хакатон — мероприятие, призванное стимулировать появление новых идей в выбранной предметной области и доведение их до реализации непосредственно на площадке мероприятия. Особый формат Хакатона позволяет объединить Участников различных профессий, с различными компетенциями и дать им возможность познакомиться с новой предметной областью под руководством Менторов. Творческая неформальная атмосфера способствует не только созданию новых решений по непосредственной тематике мероприятия, но и позволяет наладить взаимодействие между Участниками и Менторами.
Событие продолжит традицию и станет четвертым Сеченовским Хакатоном по Биоинформатике. Первый проходил «вживую» в Сеченовском Университете, а второй и третий – дистанционно. Оба прошли, на наш взгляд, успешно и смогли решить следующие фундаментальные задачи:
-Как количественно измерить не только скорость структурной, но и регуляторной эволюции генов?
-Какие гены и молекулярные процессы у предков человека эволюционировали быстрее, а какие медленнее? Какие на структурном, а какие на регуляторном уровне?
-Коррелируют ли скорости регуляторной и структурной эволюции для отдельно взятых генов и молекулярных процессов?
-Связано ли число связей (коннектом) системы с её эволюционным консерватизмом?
-Какие из основных отвечающих за развитие рака процессов эволюционируют быстро, а какие, наоборот, медленно? А если точнее, как быстро эволюционируют индивидуальные узлы в опухолевом интерактоме (то есть всём множестве взаимодействующих молекул)?
Основными целями проведения Хакатона являются:
Для нового четвертого, Сеченовского Хакатона, мы подобрали такую группу фундаментальных научных вопросов:
1. Какие химерные гены с какой частотой находятся в новой экспериментальной базе опухолевых транскриптомов российских онкобольных РОНИН?
2. Какие из них произошли в результате геномных перестроек, а какие стали продуктами сквозной транскрипции?
3. Насколько различается состав химерных генов в опухолевых базах РОНИН и TCGA?
4. Гены, несущие какие функции, оказываются 5’- и 3’ – партнерами в опухолевых химерах?
Мы гордимся тем, что не просто удовлетворили своё любопытство, но и совместно с командами прошлых Хакатонов довели исследования до конца, опубликовав несколько статей в хороших журналах с общим соавторством. Кроме того, ещё одна статья находится на стадии ревизии в журнале и одна - в процессе подготовки. Собственно, в этих работах и даны ответы на поставленные выше фундаментальные вопросы. Вот статьи, которые мы уже опубликовали:
1. Distinct Traits of Structural and Regulatory Evolutional Conservation of Human Genes with Specific Focus on Major Cancer Molecular Pathways. Zakharova G, Modestov A, Pugacheva P, Mekic R, Savina E, Guryanova A, Rachkova A, Yakushov S, Alimov A, Kulaeva E, Fedoseeva E, Kleyman A, Vasin K, Tkachev V, Garazha A, Sekacheva M, Suntsova M, Sorokin M, Buzdin A, Zolotovskaia MA. Cells. 2023 May 2;12(9):1299. doi: 10.3390/cells12091299.
2. Retroelement-Linked H3K4me1 Histone Tags Uncover Regulatory Evolution Trends of Gene Enhancers and Feature Quickly Evolving Molecular Processes in Human Physiology. Nikitin D, Kolosov N, Murzina A, Pats K, Zamyatin A, Tkachev V, Sorokin M, Kopylov P, Buzdin A. Cells. 2019 Oct 8;8(10):1219. doi: 10.3390/cells8101219.
3. H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 Histone Tags Suggest Distinct Regulatory Evolution of Open and Condensed Chromatin Landmarks. Igolkina AA, Zinkevich A, Karandasheva KO, Popov AA, Selifanova MV, Nikolaeva D, Tkachev V, Penzar D, Nikitin DM, Buzdin A. Cells. 2019 Sep 5;8(9):1034. doi: 10.3390/cells8091034.
Среди их авторов – 26 молодых ученых, продуктивно поработавших на прошлых двух Хакатонах и после них, за что мы им благодарны. Надеемся, что и третий Хакатон не станет исключением и тоже даст научные результаты, достойные хорошей публикации.
При желании, участники могут предварительно самостоятельно ознакомиться с методами изучения опухолевых транскриптомов и молекулярных путей. Например, можем порекомендовать следующие статьи:
Хакатон организован сотрудниками Сеченовского университета:
проф. РАН, д.б.н. Антоном Александровичем Буздиным;
директором Института персонализированной онкологии, д.м.н. Мариной Игоревной Секачевой.
Сопредседатели:
к.б.н., Максим Игоревич Сорокин; к.х.н., Галина Сергеевна Захарова; Марианна Арсеновна Золотовская; Александр Андреевич Модестов; Даниил Витальевич Луппов.
Координаторы:
Ангелина Жиленкова, Александра Моисеева, Ирина Королькова.
Подведение итогов Хакатона и церемония награждения Победителей Хакатона состоятся 08 ноября 2024 года. Публикация итогов Хакатона осуществляется путём размещения информации о Победителях на сайте и объявления результатов в рамках пленарного заседания саммита SIBS-2024.
Представители победивших команд приглашаются для подготовки итоговых материалов Хакатона в виде научных статей.
Публикация итогов Хакатона осуществляется путём размещения информации о Победителях на сайте.
Представители победивших команд приглашаются для подготовки итоговых материалов Хакатона в виде научных статей. Победители будут рекомендованы к трудоустройству в Институты Научного Центра мирового уровня "Цифровой биодизайн и персонализированное здравоохранение".
Ментор - Марианна Золотовская
Команда:
Пермякова Анна Владимировна
Станин Владислав Андреевич
Гвоздев Вадим Михайлович
Казаченко Екатерина Александровна
Коровицкий Александр Владимирович
Цуканов Антон Витальевич
Углова Юлия Станиславовна
Шокин Владислав Николаевич
Клименко Дарья Александровна
Сёмина Мария Вячеславовна
ПОЗДРАВЛЯЕМ!
Благодарим наших партнеров за плодотворное сотрудничество